Alfonso de Mena nació en Logroño (1578) como su primo hermano beato Alonso Navarrete. Se hizo dominico en el convento de San Esteban de Salamanca en 1594, después de terminar los cursos de Filosofía se fue a las misiones orientales. En 1598 se encontraba en Manila dispuesto a realizar los estudios de Teología. Ordenado sacerdote, atendió pastoralmente a la colonia china de Binondo durante algún tiempo y, en 1602, fue destinado con el beato padre Francisco Morales y otros compañeros a la proyectada misión del Japón. Como hablaba chino, tuvo el privilegio de saludar al shogun Tokugawa Ieyasu y obtener permiso del señor feudal de Satsuma para construir una iglesia en Kyodomari, ampliar su radio de acción y crear comunidades en distintas poblaciones del señorío de Hizen.

   No obstante las desavenencias entre los distintos señores feudales cristianos provocó la persecución por parte del shogun. Aunque pudo realizar su labor en la clandestinidad, fue delatado por un espía y sacado de la casa de un cristiano, fue conducido con el padre Morales a la isla de Ikunoshima y luego a la cárcel de Suzuta. Enfermo de gravedad y “soportando paciente y alegremente los dolores”, casi ciego, fue llevado a la hoguera de Nagasaki, donde a fuego lento expiró.