1145-1154 d.C.
Fue elegido papa el 15 de febrero y consagrado el 18 de febrero de 1145 cuando era abad del monasterio cisterciense de Tre Fontane y por tanto ajeno al Colegio cardenalicio.
Tras su entronización, y debido al enfrentamiento, iniciado por su antecesor, con el Senado romano que le exigía la renuncia al poder temporal, se vio obligado a abandonar Roma para instalarse en Viterbo ciudad en la que, en 1145, se reúne con Arnaldo de Brescia llegando a un precario acuerdo por el que se mantiene el Senado pero reconociendo la superioridad pontificia, lo que permite el regreso de Eugenio a la Ciudad Eterna.
El acuerdo se rompe de inmediato y el papa se ve obligado, en 1146, a abandonar nuevamente Roma y exiliarse en Francia desde donde organiza la Segunda Cruzada ordenando su predicación a su maestro Bernardo de Claraval que logró el apoyo del rey francés Luis VII y del emperador germano Conrado III y que terminaría en fracaso al no culminar con la conquista de Constantinopla.
En 1148 excomulga por cismático a Arnaldo de Brescia pero no logra que el Senado romano se lo entregue por lo que el papa intenta la solución militar mediante una alianza con el rey Roger II de Sicilia con la que logró retornar en 1149 por unos días a Roma, ciudad que tuvo nuevamente que abandonar al no mantenerse el apoyo del rey siciliano, lo que lleva a buscar apoyo, a cambio de la coronación imperial, en Conrado III, pero la muerte de este en 1152 impide nuevamente el objetivo papal. Finalmente, en 1153, Eugenio llega a un acuerdo con el sucesor de Conrado, Federico I Barbarroja que le permitirá retornar a Roma donde fallecerá pocos días después el 8 de julio de ese mismo año
Fue beatificado en 1872 por el papa Pío IX.
Las profecias
de San Malaquías se refieren a este papa como Ex magnitudine montis
(De la grandeza del monte), cita que hace referencia a su apellido, Montemagno,
y a su lugar de nacimiento, el castillo de Grammonte.