Francisco Morales nació en Madrid en 1567; ingresó en los dominicos del convento de San Pablo de Valladolid. Estudió en el colegio de San Gregorio de la misma ciudad y cuando ya era sacerdote, enseñó Filosofía. En 1598 llegó a Manila donde trabajñ durante algunos años como profesor de Teología y predicador de los españoles.

   Al fundarse la misión dominica de Japón, fue nombrado superior de los religiosos que le acompañaron: los padres beatos Alfonso de Mena, Tomás Hernández, Tomás de Zumárraga y el hermano cooperador fray beato Juan de la Badía. Llegaron a Japón en 1602. Durante 20 trabajó en la misión japonesa de Satzuma donde trabajó muchísimo. En Nagasaki llegó a formar un núcleo activo integrado por varias cofradías y fomentó la ayuda a los misioneros y cristianos encarcelados.

   Arrestado en 1619, fue conducido a la pequeña isla de Ikinoshima y luego a la cárcel de Suzuta, en Ômura, desde donde envió cartas y mensajes con el fin de suscitar ayudas. El 10 de Septiembre, murió quemado vivo a fuego lento en la colina de Nishizaka o Nagasaki, junto a algunos compañeros.