Juan Merlini fue el colaborador más eminente de San Gaspar y el continuador de su obra. Fue el segundo Moderador General de los Misioneros de la Preciosa Sangre, pero en realidad el que ha hecho de la Congregación fundada hacía poco por San Gaspar del Búfalo una estructura capaz de gobernarse, expandirse e identificarse con claridad dentro de la Iglesia y ante la sociedad civil.

  Juan se encontró por primera vez con Gaspar en San Felice el 6 de julio de 1820, cinco años después de la fundación de la Congregación. Junto con otro compañero de la Diócesis de Espoleto, donde se había ordenado el 19 de diciembre de 1818, había ido a San Felice para hacer los Ejercicios Espirituales predicados por S. Gaspar. Juan lo recuerda así: “Nos recibió con una cordialidad y bondad exquisitas. Confieso que quedé impresionado de la gentileza con que nos trataba”. Gaspar, que sabía leer en los corazones y atraer a las personas, invitó a ambos a entrar en el Instituto: La frase: “ustedes serán dos óptimos misioneros” el P. Juan no la tomó simplemente como una exhortación sino como una invitación, que de hecho lo llevó a replantearse toda su vida. El P. Juan 
tenía la parte que a Gaspar le faltaba. El Fundador era, por naturaleza, entusiasta y entusiasmante, inclinado a mirar las cosas desde arriba para después ir bajando a los detalles. El P. Juan era calculador, frío, acostumbrado a lograr una visión global de las cosas después de haber examinado todos los detalles. Se complementaban muy bien, y se ayudaban recíprocamente.

   El Vaticano II (cf Perfectae Caritatis 1; Evangelica Testificatio 11) nos explica que la ‘gracia de los orígenes’ consiste en esa karis especial por la cual el Espíritu Santo suscita en la Iglesia una nueva Familia religiosa. Una gracia que abarca el período comprendido entre la fundación del instituto y la muerte del último compañero/ a que el fundador/fundadora ha tenido como testigo de su experiencia fundacional.

   Juan Merlini fue un testigo eminente de la gracia de los orígenes porque estuvo junto a Gaspar Del Bufalo desde el 15 de agosto de 1820 (cinco años después de la fundación de la Congregación, que había tenido lugar en S. Felice di Giano el 15 de agosto de 1815), hasta la muerte de Gaspar el 28 de diciembre de 1837.Además, desde el 20 de enero de 1838 fue director y secretario general, y desde el 26 de agosto de 1847 asumió el gobierno de la Congregación, que el director general Blas Valentini no podía seguir desempeñando por problemas de salud.

   Desde 1834 hasta 1847 había estado siempre presente en Albano como formador de los jóvenes. El 28 de diciembre de 1847 fue elegido director general, cargo que desempeñó hasta su muerte, que tuvo lugar el 12 de enero de 1873. Cubre, además, el cargo de Superior de la Congregación de las Adoratrices fundada en 1834, que acompañará con solicitud y dedicación excelentes mediante el consejo, la regularización de las estructuras, la dimensión misionera, el espíritu, la redacción de las Reglas, la dirección espiritual de tantas Adoratrices, después de la muerte de la Fundadora Sta. María 
De Mattias.

   Dos hechos significativos: primero, el 13 de abril de 1838 Francisco de Sales Brunner, sacerdote suizo, es aceptado en Albano para un período de probación bajo la dirección de Merlini, que lo formará en la espiritualidad de la Preciosa Sangre; segundo, desde marzo/abril de 1824 asume la dirección espiritual de María De Mattias (que ejercerá durante 42 años) hasta la muerte de ella el 20 de agosto de 1866. Una relación caracterizada por una comunión espiritual verdaderamente singular y ejemplar. Lo que impactaba en él era la claridad con que presentaba su pensamiento. Todos, incluso los más jóvenes, lo escuchaban con gusto. Era sumamente hábil para matizar los temas que trataba con ejemplos tomados de la vida, convencido de que de nada sirve hablar si no se es escuchado y de nada sirve razonar si no se entienden las ideas que se exponen.