María Coronel y Arana nació en la calle de las Agustinas. Sus padres se llamaban Francisco Coronel y Catalina de Arana. Concibieron 11 hijos, pero sólo cuatro sobrevivieron: Francisco, José, María y Jerónima.
Catalina de Arana, nacida también en Ágreda, era oriunda de Vizcaya, como nos lo recuerda la misma Venerable. Efectivamente, en el convento de Ágreda se conserva todavía el documento de hidalguía de los Arana, de 1540.
Sobre sus padres, modo de ser de ellos, costumbres, etc., la misma Venerable nos ha dejado una semblanza. De la madre dice que era más oficiosa y viva de natural que el padre. Ambos, extremadamente religiosos.
La familia Coronel-Arana se relacionaba mucho con los franciscanos de San Julián; así se llamaba el antiguo convento franciscano que estaba situado en las afueras de la villa. La madre tenía allí a su confesor y acudía a diario a oír misa a la iglesia del convento. Casi no pasaba día sin que frailes franciscanos visitasen a la familia.
La Venerable confiesa que ella, en su primera infancia, parecía un tanto apocada e inútil, y con el fin de que espabilara, su madre le trataba con dureza. «Con verdad puedo decir que en mi vida les vi [a los padres] el rostro sereno hasta después de religiosa». La explicación que Sor María nos da de este comportamiento suyo en su primera infancia es muy otra de la que sus buenos padres podían alcanzar. Nos dice, en efecto, que en edad que ella no puede precisar, pero que debió de coincidir con el despuntar del uso de razón, sin que precediera información exterior ni enseñanza de criaturas, porque aún no tenía edad para ello, recibió una noticia de Dios, del mundo, del estado pecador del hombre, etcétera, cuyos efectos le habían de durar toda la vida .
Como efecto de aquella noticia concibió un temor que jamás le abandonó: temor de ofender a Dios y perder la gracia. Al cesar la enseñanza pasiva quedó como suspensa. Se veía rodeada de peligros, repleta de miserias, no osaba hablar con las criaturas, a todas reputaba superiores. El conocimiento propio le aterraba, iba a los lugares ocultos. Por todo ello los padres la juzgaban insensata e inútil, y le daban el trato áspero que hemos dicho. «¿Qué hemos de hacer de esta criatura que no ha de ser para el mundo ni para la religión?».
A todo ello se agregaron diversas enfermedades,
que a los trece años de edad la pusieron a las puertas de la
muerte: «Se hizo la cera para mi entierro», dice ella (RA
99). Pero todos los padecimientos los sobrellevaba con gran entereza
por el conocimiento que tenía de ser hija de una raza pecadora,
obligada a satisfacer a Dios por sus pecados.
«Maravillábanse los médicos de que pudiese llevar
tan crueles males con tan débiles fuerzas y sin quejarme» .
Aunque al principio la despreciaban y
reñían por su desaseo y poco aliño, pronto
empezaron a respetarla, pues aprendió a leer con presteza, era
obediente, etc. Cuando cumplió los doce años de edad
empezó a tratar de ingresar como religiosa. La primera idea fue
que tomase el hábito en las carmelitas descalzas de Tarazona, y
sus padres andaban ya dando los pasos para ello cuando sobrevino una
circunstancia totalmente imprevista, que había de cambiar el
rumbo de su vida.
La madre de la Venerable, Catalina de Arana, tuvo una revelación, confirmada por su confesor, Fr. Juan de Torrecilla, según la cual debían transformar la casa en convento e ingresar en él como religiosas la propia madre con sus dos hijas, mientras el padre y los dos hijos entraban de religiosos en la Orden de San Francisco. En realidad los dos hijos varones eran ya religiosos en dicha Orden. Ante esto, María dio su conformidad al nuevo plan y desistió de ir a Tarazona. Pero la idea era tan disonante, que chocó con la resistencia del padre de familia, y más todavía con la de un hermano de éste, Medel. La oposición del vecindario en un principio fue también general. Decían que «era agravio del santo matrimonio».
Así transcurrieron tres años. No obstante, poco a poco se vencieron las oposiciones y dificultades; el padre cambió de parecer, y en 1618, hechas algunas reformas previas, la casa de Francisco Coronel se transformó en convento de monjas. Francisco, a quien siguió después su hermano Medel, ingresó como franciscano en calidad de hermano lego en el convento de Nalda (Soria).
El tiempo que transcurrió hasta que el proyecto de la nueva fundación se plasmó en realidad, Sor María lo considera como su época de disipación. Los acaloramientos en torno al proyecto, las obras, etc., la distrajeron y disiparon un tanto en su vida espiritual y hasta cedió a la tentación de vanidad.
El nuevo convento había de ser de la Orden de la Inmaculada Concepción. Sin duda, el fervor inmaculista, que en España conocía entonces uno de sus mejores momentos, fue la causa de esta preferencia. Pero entre las concepcionistas había dos ramas: una de calzadas y otra de descalzas. Madre e hijas se decidieron por el instituto de descalzas. Mas como en el área de la provincia franciscana de Burgos, a la que pertenecía la fundación de Ágreda, no había concepcionistas descalzas, sino sólo calzadas, se cometió la anomalía de traer de Burgos tres monjas concepcionistas de las calzadas en calidad de fundadoras de un convento que había de ser de la rama descalza. Por esta razón dirá Sor María que la fundación no tuvo buen principio, pues las fundadoras venidas de Burgos tenían que enseñar un modo de vida que ellas no habían profesado ni practicado.
Dieciséis años tenía Sor María cuando tomó el hábito, juntamente con su madre y hermana. Pronto hubo nuevas vocaciones. En esta primera época la abadesa era de las venidas de Burgos en calidad de fundadoras.
Una vez vestido el hábito, Sor María reacciona contra la disipación anterior y se entrega toda a la vida espiritual. Hecha la profesión en 1620, comienza en su vida un período de enfermedades, tentaciones y extraordinarios trabajos, que será seguido por otro de fenómenos espirituales resonantes.
Tuvo fama de santa por sus penitencias y mortificaciones corporales, llegando a ser procesada y absuelta por la Inquisición. Mantuvo una larga y nutrida correspondencia (1643, 1665) con Felipe IV, de quien fue consejera en asuntos de Estado. En 1627, con tan sólo 25 años, sería nombrada abadesa del convento franciscano de Ágreda, fundado por sus padres.